Han hade en mycket framgångsrik början till sin MMA karriär, vann fyra av sina fem första MMA slagsmål. Den ensamme förlust kom till Renato Babau Sobral genom en giljotin choke. Som ett resultat av hans framgång, han märkte av PRIDE Fighting Championships, och de var intresserade av att föra Rua deras organization.Rua tog PRIDE Fighting Championships (inte längre existerar) med storm, förlorade endast en gång i 13 slagsmål. Hans lone förlust kom till Mark Coleman när han vrickat armbågen på en borttagning. Under sin lysande karriär med PRIDE, vann han PRIDE mellanvikt Grand Prix.
After PRIDE föll, Rua undertecknades den med UFC. Hans debut kom i en mycket efterlängtade match mellan honom och Forrest Griffin på UFC 76. Även med PRIDE, han hade blivit känd för sin vilda, aggressiva stil, och användning av stampar och fotboll sparkar till nedskjutna motståndare. Han liknade knappt kämpe han var medan med PRIDE, och han så småningom fallit för Griffin via rear naked choke.Shortly efter att ha förlorat till Griffin, upptäcktes den Rua hade lidit en knäskada under träning. Skadan krävde operation.
Efter operationen, tog han upp sin första UFC vinna över Mark Coleman på UFC 93 som misslyckats med att skapa samma spänning fans hade kommit att förvänta sig från sina fights.Ruas första UFC kamp som verkligen liknade hans stil kom på UFC 97 mot förre UFC ljus tungviktsmästare Chuck Liddell. Han knackade honom ut i den första omgången med en ond vänsterkrok följt av hammare nävar. Den spännande vinna slungades honom i de tio bästa ranking och därmed ge dem en chans att tävla om lätt tungvikt Championship.Ruas nästa match slutade i kontroverser.
Det kom på UFC 104, när han förlorade en enhällig kamp för att lätt tungvikt Lyota Machida. Kontroversen kom när många framstående UFC människor, däribland UFC presidenten Dana White, trodde Rua var den verkliga vinnaren i kampen. Enligt CompuStrike, Rua landade nästan dubbelt så m