Från den 15: e talet och framåt spioner officiellt utbildad och ordet shinobi definierade en hemlighetsfull grupp spioner. Strategin togs upp av den kinesiska militären also.In 15th Century ninjor anställdes i syfte att plundra. De var terrorister och mordbrännare par excellence. I motsats samurajer i Japan slogs öppna dueller. Men under oroliga tider av Sengoku fanns stor efterfrågan på ninjor och mindre betydelse gavs till respektabilitet. Ninjor blev spioner, experter på bakhåll attacker och spridnings agitationer.
Det fanns familjer ninjor som bildade stora gillen var och en har sitt eget territorium. Inom dem fanns ranking med jonin är den övre mannen, Chunin är den mellersta mannen och assistenterna är jonin. Den lägsta var lägre mannen eller genin. Den senare rekryterades från de lägre skikten och skickas ut till spetsen för trouble.Following belägringen av Osaka 1614 ninjorna igen kom att användas. Miura Yoemon var en ninja anställd av krigsherren Tokugawa. Han anlitade fler ninjas från Iga klaner och skickade tio av dem till Osaka Castle. Det är värt att nämna att de ninjor som kom från klaner.
I den förmoderna gamla Iga provinsen levde Iga och Koga klaner. I denna region byborna var huvudsakligen bedriver utbildas för att vara ninjor. Efter ett sådant avgörande seger IGA ninjor blev vakter för inre territorium Edo slott nära modern Tokyo. Ninjor i Koga klanen fick utnämningar inom polisen och hjälpte till att vakta de yttre portarna till slottet. Under den tiden Japan var ursprungligen känd som Ozakajo. Osaka spelade en viktig roll i enandet av landet i den 16: e Century.The ninjor tog en central roll under bondeuppror kallas Shimabara Uppror i 17-talet.
Bönderna var i stort sett kristna. De Koja ninjor användes av en shogun en person av militär rank.In de första åren av 18th century shogun Tokugawa Yoshimune inrätta en underrättelsetjänst, Oniwabanshu, bestående av ninjor. Det säkrade uppgifter på grund av den nationella säkerheten. Gruppen består av onmitsu ninjor som snusas ut