Behandlingen är tillgängligt för afrikansk trypanosomiasis, men det är dödlig om den inte behandlas. Behandling av infekterade djur utförs i allmänhet med hjälp av botande läkemedel. Tyvärr, är motståndet mot botande och profylaktiska föreningar utbredd. Behandlingen är svårt och inte utan risker de läkemedel som används för behandling av trypanosomiasis är mycket giftiga. Problemet förvärras på grund av förekomsten av läkemedelsresistens.
Behandling framgång i det andra steget beror på ett läkemedel som kan passera blod -brain barriär för att nå parasiten. Sådana läkemedel är ganska giftiga och komplicerat att administrera.